Authors:
Schwarz L, Heise J, Liu Z, Bennewitz J, Thaller G, Tetens J
(Contact: leopold.schwarz@uni-goettingen.de )
Affiliation:
Department of Animal Sciences, Georg-August-University, 37077, Göttingen, Germany
Title:
Mendelian randomisation to uncover causal associations between conformation, metabolism, and production as potential exposure to reproduction in German Holstein dairy cattle
Journal:
Genetics, Selection, Evolution : GSE, 57(1): 7 (2025)
DOI :
10.1186/s12711-025-00950-w
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Calving ease reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336247 , Asso:336248 , Asso:336249 . Chr.6 : Asso:336239 , Asso:336240 , Asso:336241 . Chr.9 : Asso:336242 , Asso:336243 . Chr.17 : Asso:336233 , Asso:336234 , Asso:336235 . Chr.18 : Asso:336236 , Asso:336237 , Asso:336244 , Asso:336245 . Chr.20 : Asso:336246 . Chr.23 : Asso:336238 .
QTL for Interval to first estrus after calving reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336267 , Asso:336268 , Asso:336269 , Asso:336270 , Asso:336271 . Chr.6 : Asso:336250 , Asso:336251 , Asso:336252 , Asso:336253 , Asso:336254 , Asso:336255 . Chr.14 : Asso:336256 , Asso:336257 , Asso:336258 , Asso:336259 . Chr.15 : Asso:336260 . Chr.17 : Asso:336261 . Chr.26 : Asso:336262 , Asso:336263 . Chr.28 : Asso:336264 . Chr.29 : Asso:336265 , Asso:336266 .
QTL for Calving to conception interval reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336285 , Asso:336286 , Asso:336287 , Asso:336288 , Asso:336289 , Asso:336290 , Asso:336291 , Asso:336292 , Asso:336293 , Asso:336294 , Asso:336295 , Asso:336296 , Asso:336297 . Chr.5 : Asso:336272 , Asso:336273 . Chr.6 : Asso:336274 , Asso:336275 , Asso:336276 , Asso:336277 , Asso:336278 . Chr.14 : Asso:336279 , Asso:336280 . Chr.15 : Asso:336281 . Chr.17 : Asso:336282 . Chr.26 : Asso:336283 , Asso:336284 .
QTL for Interval from first to last insemination reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336305 , Asso:336306 , Asso:336307 , Asso:336308 , Asso:336309 , Asso:336310 , Asso:336311 , Asso:336312 , Asso:336313 , Asso:336314 , Asso:336315 , Asso:336316 , Asso:336317 , Asso:336318 , Asso:336319 , Asso:336328 . Chr.5 : Asso:336298 , Asso:336299 . Chr.6 : Asso:336300 , Asso:336320 , Asso:336321 , Asso:336322 , Asso:336323 . Chr.7 : Asso:336301 . Chr.12 : Asso:336302 , Asso:336324 . Chr.15 : Asso:336303 . Chr.17 : Asso:336325 , Asso:336326 . Chr.18 : Asso:336304 , Asso:336327 .
QTL for Metritis reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336331 , Asso:336332 , Asso:336333 , Asso:336334 . Chr.7 : Asso:336329 . Chr.21 : Asso:336330 .
QTL for Retained placenta reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336336 , Asso:336337 , Asso:336338 , Asso:336339 , Asso:336340 , Asso:336341 , Asso:336342 , Asso:336343 , Asso:336344 , Asso:336345 , Asso:336346 , Asso:336347 , Asso:336348 , Asso:336349 , Asso:336350 , Asso:336351 , Asso:336352 , Asso:336353 , Asso:336354 , Asso:336355 , Asso:336356 , Asso:336357 , Asso:336358 , Asso:336359 , Asso:336360 , Asso:336361 . Chr.9 : Asso:336335 .
QTL for Non-return rate reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336364 , Asso:336365 , Asso:336368 , Asso:336369 , Asso:336370 , Asso:336371 , Asso:336372 , Asso:336373 , Asso:336374 , Asso:336375 , Asso:336376 , Asso:336377 , Asso:336378 , Asso:336379 . Chr.6 : Asso:336362 , Asso:336363 , Asso:336366 , Asso:336367 .
QTL for Stillbirth reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336382 , Asso:336383 , Asso:336384 , Asso:336390 , Asso:336391 , Asso:336392 , Asso:336393 , Asso:336394 , Asso:336395 , Asso:336396 , Asso:336397 , Asso:336398 , Asso:336399 , Asso:336400 , Asso:336401 , Asso:336402 , Asso:336403 , Asso:336404 , Asso:336405 , Asso:336406 , Asso:336407 , Asso:336408 , Asso:336409 , Asso:336410 , Asso:336411 , Asso:336412 , Asso:336413 , Asso:336414 , Asso:336415 , Asso:336416 , Asso:336417 . Chr.9 : Asso:336385 , Asso:336386 , Asso:336387 . Chr.18 : Asso:336380 , Asso:336381 , Asso:336388 , Asso:336389 .
QTL for Body condition score reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336447 , Asso:336448 , Asso:336449 , Asso:336450 , Asso:336451 , Asso:336452 , Asso:336453 , Asso:336454 , Asso:336455 , Asso:336456 , Asso:336457 , Asso:336458 , Asso:336459 , Asso:336460 , Asso:336461 , Asso:336462 , Asso:336463 , Asso:336464 , Asso:336465 , Asso:336466 , Asso:336467 , Asso:336468 , Asso:336469 , Asso:336470 , Asso:336471 , Asso:336472 , Asso:336473 , Asso:336474 , Asso:336475 , Asso:336476 , Asso:336477 , Asso:336478 , Asso:336479 , Asso:336480 , Asso:336481 , Asso:336482 , Asso:336483 , Asso:336484 , Asso:336485 , Asso:336486 , Asso:336487 , Asso:336488 , Asso:336489 , Asso:336490 , Asso:336491 , Asso:336492 , Asso:336493 , Asso:336494 , Asso:336495 , Asso:336496 , Asso:336497 , Asso:336498 , Asso:336499 , Asso:336500 , Asso:336501 , Asso:336502 , Asso:336503 , Asso:336504 , Asso:336505 , Asso:336506 , Asso:336507 , Asso:336508 , Asso:336509 , Asso:336510 , Asso:336511 , Asso:336512 , Asso:336513 , Asso:336514 , Asso:336515 , Asso:336516 , Asso:336517 , Asso:336518 . Chr.5 : Asso:336418 , Asso:336419 , Asso:336420 , Asso:336421 , Asso:336422 , Asso:336423 , Asso:336424 , Asso:336425 . Chr.6 : Asso:336426 , Asso:336427 , Asso:336428 , Asso:336429 , Asso:336430 , Asso:336431 , Asso:336432 , Asso:336433 , Asso:336434 , Asso:336435 , Asso:336436 , Asso:336437 , Asso:336438 , Asso:336439 . Chr.13 : Asso:336440 . Chr.18 : Asso:336441 . Chr.19 : Asso:336442 . Chr.26 : Asso:336443 . Chr.28 : Asso:336444 . Chr.29 : Asso:336445 , Asso:336446 .
QTL for Conformation score reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:336519 . Chr.9 : Asso:336520 . Chr.21 : Asso:336521 , Asso:336522 , Asso:336523 .
QTL for Udder composite index reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336546 , Asso:336547 , Asso:336548 , Asso:336549 , Asso:336550 , Asso:336551 , Asso:336552 , Asso:336553 , Asso:336554 , Asso:336555 . Chr.4 : Asso:336524 , Asso:336525 . Chr.5 : Asso:336526 , Asso:336527 . Chr.6 : Asso:336528 , Asso:336529 , Asso:336530 , Asso:336531 . Chr.11 : Asso:336532 , Asso:336533 , Asso:336534 , Asso:336535 . Chr.18 : Asso:336536 , Asso:336537 , Asso:336538 . Chr.19 : Asso:336539 . Chr.20 : Asso:336540 , Asso:336541 , Asso:336542 , Asso:336543 , Asso:336544 . Chr.29 : Asso:336545 .
QTL for Feet and leg conformation reported for chromosome(s):
Chr.5 : Asso:336556 , Asso:336557 , Asso:336558 . Chr.8 : Asso:336559 .
QTL for Ketosis reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336563 , Asso:336564 , Asso:336565 , Asso:336566 , Asso:336567 . Chr.6 : Asso:336560 , Asso:336561 , Asso:336562 .
QTL for Abomasum displacement reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336571 , Asso:336572 . Chr.6 : Asso:336568 , Asso:336569 , Asso:336570 .
QTL for Milk fever reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336577 , Asso:336578 . Chr.6 : Asso:336573 , Asso:336574 , Asso:336575 , Asso:336576 .
QTL for Milk fat yield reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336647 , Asso:336648 , Asso:336649 , Asso:336650 , Asso:336651 , Asso:336652 , Asso:336653 , Asso:336654 , Asso:336655 , Asso:336656 , Asso:336657 , Asso:336658 , Asso:336659 , Asso:336660 , Asso:336661 , Asso:336662 , Asso:336663 , Asso:336664 , Asso:336665 , Asso:336666 , Asso:336667 , Asso:336668 , Asso:336669 , Asso:336670 , Asso:336671 , Asso:336672 , Asso:336673 , Asso:336674 , Asso:336675 , Asso:336676 , Asso:336677 , Asso:336678 , Asso:336679 , Asso:336680 , Asso:336681 , Asso:336682 , Asso:336683 , Asso:336684 , Asso:336685 , Asso:336686 , Asso:336687 , Asso:336688 , Asso:336689 , Asso:336690 , Asso:336691 , Asso:336692 , Asso:336693 , Asso:336694 , Asso:336695 . Chr.2 : Asso:336579 , Asso:336580 . Chr.5 : Asso:336581 , Asso:336582 , Asso:336583 , Asso:336584 , Asso:336585 , Asso:336586 , Asso:336587 , Asso:336588 , Asso:336589 , Asso:336590 , Asso:336591 , Asso:336592 , Asso:336593 , Asso:336594 , Asso:336595 , Asso:336596 , Asso:336597 , Asso:336598 , Asso:336599 , Asso:336600 , Asso:336601 , Asso:336602 , Asso:336603 . Chr.6 : Asso:336604 , Asso:336605 , Asso:336606 , Asso:336607 , Asso:336608 , Asso:336609 . Chr.14 : Asso:336610 , Asso:336611 , Asso:336612 , Asso:336613 , Asso:336614 , Asso:336615 , Asso:336616 , Asso:336617 , Asso:336618 , Asso:336619 , Asso:336620 , Asso:336621 , Asso:336622 , Asso:336623 , Asso:336624 , Asso:336625 , Asso:336626 , Asso:336627 , Asso:336628 , Asso:336629 , Asso:336630 , Asso:336631 , Asso:336632 , Asso:336633 , Asso:336634 , Asso:336635 , Asso:336636 , Asso:336637 , Asso:336638 . Chr.15 : Asso:336639 , Asso:336640 . Chr.19 : Asso:336641 , Asso:336642 . Chr.26 : Asso:336643 . Chr.28 : Asso:336644 , Asso:336645 . Chr.29 : Asso:336646 .
QTL for Milk yield reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336792 , Asso:336793 , Asso:336794 , Asso:336795 , Asso:336796 , Asso:336797 , Asso:336798 , Asso:336799 , Asso:336800 , Asso:336801 , Asso:336802 , Asso:336803 , Asso:336804 , Asso:336805 . Chr.1 : Asso:336696 . Chr.3 : Asso:336697 , Asso:336698 . Chr.5 : Asso:336699 , Asso:336700 , Asso:336701 , Asso:336702 , Asso:336703 , Asso:336704 , Asso:336705 , Asso:336706 , Asso:336707 , Asso:336708 , Asso:336709 , Asso:336710 , Asso:336711 , Asso:336712 , Asso:336713 , Asso:336714 , Asso:336715 . Chr.6 : Asso:336716 , Asso:336717 , Asso:336718 , Asso:336719 , Asso:336720 , Asso:336721 , Asso:336722 , Asso:336723 , Asso:336724 , Asso:336725 , Asso:336726 . Chr.11 : Asso:336727 , Asso:336728 . Chr.14 : Asso:336729 , Asso:336730 , Asso:336731 , Asso:336732 , Asso:336733 , Asso:336734 , Asso:336735 , Asso:336736 , Asso:336737 , Asso:336738 , Asso:336739 , Asso:336740 , Asso:336741 , Asso:336742 , Asso:336743 , Asso:336744 , Asso:336745 , Asso:336746 , Asso:336747 , Asso:336748 , Asso:336749 , Asso:336750 , Asso:336751 , Asso:336752 , Asso:336753 , Asso:336754 , Asso:336755 , Asso:336756 , Asso:336757 , Asso:336758 , Asso:336759 , Asso:336760 , Asso:336761 , Asso:336762 , Asso:336763 , Asso:336764 , Asso:336765 , Asso:336766 , Asso:336767 , Asso:336768 , Asso:336769 , Asso:336770 , Asso:336771 , Asso:336772 . Chr.15 : Asso:336773 . Chr.19 : Asso:336774 , Asso:336775 , Asso:336776 . Chr.20 : Asso:336777 , Asso:336778 , Asso:336779 , Asso:336780 , Asso:336781 , Asso:336782 , Asso:336783 , Asso:336784 , Asso:336785 . Chr.27 : Asso:336786 , Asso:336787 . Chr.28 : Asso:336788 . Chr.29 : Asso:336789 , Asso:336790 , Asso:336791 .
QTL for Milk protein yield reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336860 , Asso:336861 , Asso:336862 , Asso:336863 , Asso:336864 , Asso:336865 , Asso:336866 , Asso:336867 , Asso:336868 , Asso:336869 , Asso:336870 , Asso:336871 , Asso:336872 , Asso:336873 , Asso:336874 , Asso:336875 , Asso:336876 , Asso:336877 . Chr.5 : Asso:336806 , Asso:336807 , Asso:336808 , Asso:336809 , Asso:336810 , Asso:336811 . Chr.6 : Asso:336812 , Asso:336813 , Asso:336814 , Asso:336815 , Asso:336816 , Asso:336817 , Asso:336818 , Asso:336819 , Asso:336820 , Asso:336821 , Asso:336822 , Asso:336823 , Asso:336824 , Asso:336825 , Asso:336826 , Asso:336827 , Asso:336828 , Asso:336829 . Chr.11 : Asso:336830 . Chr.14 : Asso:336831 , Asso:336832 , Asso:336833 , Asso:336834 , Asso:336835 , Asso:336836 , Asso:336837 , Asso:336838 , Asso:336839 , Asso:336840 , Asso:336841 , Asso:336842 , Asso:336843 , Asso:336844 , Asso:336845 , Asso:336846 , Asso:336847 , Asso:336848 , Asso:336849 , Asso:336850 , Asso:336851 . Chr.19 : Asso:336852 , Asso:336853 . Chr.27 : Asso:336854 , Asso:336855 , Asso:336856 . Chr.28 : Asso:336857 . Chr.29 : Asso:336858 , Asso:336859 .
QTL for Body form composite index reported for chromosome(s):
Chr.X : Asso:336933 , Asso:336934 , Asso:336935 , Asso:336936 , Asso:336937 , Asso:336938 , Asso:336939 , Asso:336940 , Asso:336941 , Asso:336942 , Asso:336943 , Asso:336944 , Asso:336945 , Asso:336946 , Asso:336947 , Asso:336948 , Asso:336949 , Asso:336950 , Asso:336951 , Asso:336952 , Asso:336953 , Asso:336954 , Asso:336955 , Asso:336956 , Asso:336957 , Asso:336958 , Asso:336959 , Asso:336960 , Asso:336961 , Asso:336962 , Asso:336963 , Asso:336964 . Chr.2 : Asso:336897 . Chr.5 : Asso:336898 , Asso:336899 , Asso:336900 , Asso:336901 , Asso:336902 , Asso:336903 , Asso:336904 , Asso:336905 , Asso:336906 , Asso:336907 , Asso:336908 . Chr.7 : Asso:336909 . Chr.8 : Asso:336910 , Asso:336911 , Asso:336912 , Asso:336913 , Asso:336914 , Asso:336915 . Chr.11 : Asso:336916 , Asso:336917 , Asso:336918 , Asso:336919 , Asso:336920 , Asso:336921 , Asso:336922 , Asso:336923 . Chr.14 : Asso:336924 . Chr.18 : Asso:336925 , Asso:336926 , Asso:336927 , Asso:336928 , Asso:336929 . Chr.21 : Asso:336930 . Chr.25 : Asso:336931 . Chr.29 : Asso:336932 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (316) ,
Chr.1 (1) ,
Chr.2 (3) ,
Chr.3 (2) ,
Chr.4 (2) ,
Chr.5 (74) ,
Chr.6 (86) ,
Chr.7 (4) ,
Chr.8 (7) ,
Chr.9 (7) ,
Chr.11 (15) ,
Chr.12 (2) ,
Chr.13 (1) ,
Chr.14 (101) ,
Chr.15 (6) ,
Chr.17 (7) ,
Chr.18 (19) ,
Chr.19 (9) ,
Chr.20 (15) ,
Chr.21 (5) ,
Chr.23 (1) ,
Chr.25 (1) ,
Chr.26 (6) ,
Chr.27 (5) ,
Chr.28 (6) ,
Chr.29 (12) .
Number of gene-based eQTL/associations: