Authors: Ponsuksili S, Reyer H, Trakooljul N, Murani E, Wimmers K
(Contact: wimmers@fbn-dummerstorf.de ) Affiliation: Research Unit 'Genomics', Institute for Genome Biology, Leibniz Institute for Farm Animal Biology (FBN), Wilhelm-Stahl-Allee 2, D-18196, Dummerstorf, Germany Title: Single- and Bayesian Multi-Marker Genome-Wide Association for Haematological Parameters in Pigs Journal: PloS One, 11(7): e0159212 (2016)
DOI :
10.1371/journal.pone.0159212 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Hematocrit
Chr.5 : QTL:107240 . Chr.8 : QTL:107241 . Chr.13 : Asso:107342 . Chr.15 : QTL:107242 , QTL:107243 . Chr.16 : QTL:107244 .
QTL for Hemoglobin
Chr.5 : QTL:107245 . Chr.8 : QTL:107246 . Chr.10 : Asso:107345 . Chr.15 : Asso:107343 , Asso:107344 . Chr.16 : QTL:107247 .
QTL for Lymphocyte number
Chr.X : QTL:107253 , QTL:107254 , Asso:107348 , Asso:107349 , Asso:107350 , Asso:107351 , Asso:107352 . Chr.1 : Asso:107353 , Asso:107356 . Chr.2 : Asso:107355 . Chr.4 : Asso:107347 , Asso:107354 . Chr.5 : QTL:107248 . Chr.8 : QTL:107249 . Chr.10 : QTL:107250 . Chr.14 : QTL:107251 , QTL:107252 , Asso:107346 , Asso:107357 , Asso:107358 , Asso:107359 .
QTL for Mean corpuscular hemoglobin content
Chr.X : QTL:107255 , Asso:107382 , Asso:107399 , Asso:107401 , Asso:107402 , Asso:107403 , Asso:107404 , Asso:107409 , Asso:107410 , Asso:107413 , Asso:107414 , Asso:107415 , Asso:107416 , Asso:107417 , Asso:107418 , Asso:107419 , Asso:107420 , Asso:107423 , Asso:107424 , Asso:107425 , Asso:107428 . Chr.1 : QTL:107256 , Asso:107361 , QTL:107362 , Asso:107363 , Asso:107364 , Asso:107365 , Asso:107367 , Asso:107375 , Asso:107379 , Asso:107380 , Asso:107383 , Asso:107384 , Asso:107388 , Asso:107390 , Asso:107392 , Asso:107394 , Asso:107397 , Asso:107398 , Asso:107400 , Asso:107408 , Asso:107412 , Asso:107422 , Asso:107426 . Chr.2 : Asso:107360 , Asso:107366 , Asso:107407 . Chr.3 : QTL:107257 , QTL:107258 , QTL:107259 , Asso:107387 . Chr.4 : Asso:107389 . Chr.5 : Asso:107378 . Chr.6 : Asso:107393 . Chr.7 : QTL:107260 . Chr.10 : QTL:107261 , QTL:107262 . Chr.13 : QTL:107263 . Chr.14 : QTL:107264 , QTL:107265 . Chr.15 : Asso:107368 , Asso:107369 , Asso:107370 , Asso:107371 , Asso:107372 . Chr.17 : QTL:107266 , QTL:107267 , Asso:107373 , Asso:107374 , Asso:107376 , Asso:107381 , Asso:107385 , Asso:107386 , Asso:107391 , Asso:107395 , Asso:107396 , Asso:107405 , Asso:107406 , Asso:107411 , Asso:107421 , Asso:107427 . Chr.18 : Asso:107377 .
QTL for Mean corpuscular hemoglobin concentration
Chr.3 : QTL:107268 . Chr.4 : QTL:107269 , Asso:107432 . Chr.7 : QTL:107270 . Chr.8 : QTL:107271 , QTL:107272 . Chr.10 : QTL:107273 , QTL:107274 . Chr.13 : Asso:107429 . Chr.14 : Asso:107430 , Asso:107431 . Chr.15 : QTL:107275 . Chr.16 : Asso:107433 .
QTL for Mean corpuscular volume
Chr.X : QTL:107288 , QTL:107289 , QTL:107290 , Asso:107441 , Asso:107442 , Asso:107443 , Asso:107448 , Asso:107453 , Asso:107454 , Asso:107455 , Asso:107456 , Asso:107457 , Asso:107458 , Asso:107459 , Asso:107460 , Asso:107462 , Asso:107463 , Asso:107464 , Asso:107474 , Asso:107475 , Asso:107476 , Asso:107477 , Asso:107480 , Asso:107486 , Asso:107487 , Asso:107493 , Asso:107494 , Asso:107495 , Asso:107496 , Asso:107497 , Asso:107499 , Asso:107500 , Asso:107511 , Asso:107517 , Asso:107518 , Asso:107520 , Asso:107521 . Chr.1 : QTL:107276 , Asso:107434 , Asso:107437 , Asso:107438 , Asso:107445 , Asso:107446 , Asso:107447 , Asso:107452 , Asso:107466 , Asso:107467 , Asso:107468 , Asso:107469 , Asso:107470 , Asso:107472 , Asso:107478 , Asso:107481 , Asso:107482 , Asso:107483 , Asso:107484 , Asso:107488 , Asso:107489 , Asso:107490 , Asso:107491 , Asso:107492 , Asso:107498 , Asso:107501 , Asso:107502 , Asso:107503 , Asso:107504 , Asso:107505 , Asso:107508 , Asso:107509 , Asso:107510 , Asso:107512 , Asso:107513 , Asso:107514 , Asso:107516 , Asso:107519 . Chr.2 : QTL:107277 , QTL:107278 , Asso:107435 , Asso:107439 , Asso:107449 , Asso:107473 , Asso:107479 , Asso:107506 , Asso:107507 , Asso:107515 . Chr.3 : QTL:107279 , QTL:107280 , QTL:107281 . Chr.4 : Asso:107440 . Chr.5 : QTL:107282 , Asso:107450 . Chr.6 : Asso:107436 , Asso:107465 . Chr.7 : QTL:107283 , QTL:107284 , Asso:107444 , Asso:107471 , Asso:107485 . Chr.8 : Asso:107451 . Chr.10 : QTL:107285 , Asso:107461 . Chr.13 : QTL:107286 , QTL:107287 .
QTL for Mean platelet volume
Chr.1 : QTL:107291 , QTL:107292 , QTL:107293 , Asso:107526 . Chr.6 : QTL:107294 , Asso:107527 . Chr.7 : QTL:107295 , Asso:107528 . Chr.8 : QTL:107296 . Chr.10 : Asso:107522 . Chr.11 : Asso:107523 , Asso:107531 . Chr.12 : QTL:107297 , QTL:107298 , Asso:107525 , Asso:107533 , Asso:107534 . Chr.17 : QTL:107299 , QTL:107300 . Chr.18 : QTL:107301 , QTL:107302 , Asso:107524 , Asso:107529 , Asso:107530 , Asso:107532 .
QTL for Plateletcrit
Chr.1 : QTL:107303 , QTL:107304 , Asso:107554 . Chr.2 : QTL:107305 , QTL:107306 , Asso:107540 , Asso:107542 , Asso:107543 , Asso:107544 , Asso:107545 , Asso:107546 , Asso:107548 , Asso:107550 , Asso:107551 . Chr.4 : QTL:107307 . Chr.7 : Asso:107536 , Asso:107541 . Chr.8 : QTL:107308 , Asso:107535 , Asso:107537 , Asso:107538 , Asso:107539 , Asso:107547 . Chr.9 : QTL:107309 , QTL:107310 , Asso:107549 , Asso:107553 . Chr.15 : Asso:107552 .
QTL for Platelet count
Chr.X : Asso:107567 , Asso:107568 , Asso:107570 , Asso:107571 . Chr.1 : QTL:107311 , QTL:107312 . Chr.2 : QTL:107313 , QTL:107314 , Asso:107555 , Asso:107556 , Asso:107557 , Asso:107569 . Chr.3 : Asso:107566 . Chr.4 : Asso:107560 . Chr.6 : Asso:107574 , Asso:107575 . Chr.7 : QTL:107315 , Asso:107561 , Asso:107572 , Asso:107578 . Chr.8 : Asso:107562 , Asso:107564 , Asso:107565 , Asso:107573 . Chr.9 : QTL:107316 . Chr.13 : Asso:107559 . Chr.15 : Asso:107563 . Chr.17 : Asso:107558 , Asso:107576 , Asso:107577 .
QTL for Red blood cell count
Chr.1 : QTL:107317 , Asso:107580 , Asso:107581 , Asso:107585 , Asso:107586 . Chr.3 : QTL:107318 , QTL:107319 . Chr.5 : QTL:107320 , Asso:107582 . Chr.6 : QTL:107321 , Asso:107584 , Asso:107587 . Chr.13 : Asso:107579 , Asso:107583 . Chr.16 : QTL:107322 , QTL:107323 , QTL:107324 .
QTL for Red cell distribution width
Chr.X : QTL:107333 , Asso:107588 , Asso:107590 , Asso:107593 , Asso:107594 , Asso:107600 , Asso:107601 , Asso:107602 , Asso:107603 , Asso:107604 , Asso:107605 , Asso:107608 , Asso:107609 . Chr.1 : QTL:107325 . Chr.2 : Asso:107595 , Asso:107596 , Asso:107599 . Chr.7 : QTL:107326 . Chr.8 : Asso:107591 . Chr.9 : QTL:107327 , Asso:107597 , Asso:107598 , Asso:107606 . Chr.13 : QTL:107328 . Chr.16 : QTL:107329 , QTL:107330 , QTL:107331 , Asso:107589 . Chr.18 : QTL:107332 , Asso:107607 .
QTL for White blood cell number
Chr.3 : QTL:107334 , QTL:107335 . Chr.4 : QTL:107336 . Chr.7 : QTL:107337 , Asso:107612 . Chr.14 : QTL:107338 , QTL:107339 . Chr.17 : QTL:107340 , QTL:107341 , Asso:107610 , Asso:107611 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (82) ,
Chr.1 (78) ,
Chr.2 (34) ,
Chr.3 (13) ,
Chr.4 (9) ,
Chr.5 (8) ,
Chr.6 (10) ,
Chr.7 (18) ,
Chr.8 (18) ,
Chr.9 (9) ,
Chr.10 (9) ,
Chr.11 (2) ,
Chr.12 (5) ,
Chr.13 (9) ,
Chr.14 (12) ,
Chr.15 (12) ,
Chr.16 (10) ,
Chr.17 (25) ,
Chr.18 (9) .
Number of gene-based eQTL/associations:
